Concordance TVA annuelle : le rendez-vous que personne ne doit rater

Quatre décomptes trimestriels remis dans les temps ne signifient pas que votre TVA est juste. Ils signifient seulement que vous avez déclaré, période après période, ce que votre comptabilité contenait à ce moment-là. La concordance TVA annuelle — que la loi appelle la finalisation (art. 72 LTVA) — est le moment où vous confrontez ces déclarations aux comptes annuels bouclés. C’est là que l’on retrouve la facture oubliée, l’écriture passée après coup, l’impôt préalable non récupéré. Et c’est un rendez-vous à date fixe, pas une bonne intention.

Ce n’est pas un cinquième décompte, c’est une réconciliation

La concordance annuelle ne consiste pas à redéclarer l’année. Elle consiste à comparer deux mondes :

• la concordance des chiffres d’affaires : la somme des chiffres d’affaires déclarés dans les décomptes de la période fiscale, comparée aux produits qui ressortent des comptes annuels (compte de résultat et annexes) ;
• la concordance de l’impôt préalable : la somme de l’impôt préalable déclaré, comparée à l’impôt préalable réellement comptabilisé sur l’exercice.

Si les deux tombent juste, rien à envoyer. Si un écart apparaît, il doit être annoncé à l’AFC exclusivement via le formulaire « Concordance annuelle (décompte rectificatif conformément à l’art. 72 LTVA) », dans le service « Décompter la TVA » du Portail AFC. Ce formulaire ne contient que les différences par rapport aux décomptes déjà remis, pas les montants annuels complets. C’est l’erreur la plus fréquente que nous corrigeons : des concordances remplies comme un décompte annuel, qui doublent le chiffre d’affaires déclaré.

À ne pas confondre non plus avec le décompte rectificatif ordinaire : pour corriger une erreur repérée dans un trimestre précis en cours d’année, on utilise le décompte rectificatif de la période concernée.

Deux délais, et ils ne disent pas la même chose

La confusion est classique, y compris chez des directions financières aguerries.

• Le 180e jour : les erreurs constatées au bouclement doivent être corrigées au plus tard dans le décompte établi pour la période de décompte pendant laquelle tombe le 180e jour suivant la fin de l’exercice (art. 72 al. 1 LTVA).
• Les 240 jours : si aucun décompte de concordance n’est parvenu à l’AFC dans les 240 jours suivant la fin de l’exercice, l’AFC part du principe que les décomptes remis sont complets et corrects, et que la période fiscale est finalisée.

Exercice clos le 31 décembre 2025 : le calendrier réel

Pour un exercice décalé, le calcul se refait à partir de la clôture : exercice au 30 juin 2026 → 180e jour le 27 décembre 2026, donc décompte du 4e trimestre 2026, à remettre d’ici le 1er mars 2027 (60 jours). Le délai de remise d’un décompte peut être prolongé gratuitement en ligne via le Portail AFC (la voie électronique est obligatoire pour ces demandes), mais un bouclement en retard ne suspend pas l’obligation matérielle de corriger.

Attention à la lecture inverse : la finalisation présumée n’est pas une amnistie. L’AFC conserve son droit de taxation dans les délais de prescription, et un contrôle TVA peut porter sur des périodes finalisées. Les livres et pièces se conservent au moins 10 ans, 20 ans pour les documents liés aux biens immobiliers (art. 70 al. 3 LTVA), et la prescription absolue du droit de taxation est de 10 ans dès la fin de la période fiscale concernée (art. 42 al. 6 LTVA).

Ce que la concordance rattrape, concrètement

Dans nos mandats genevois, les écarts viennent presque toujours des mêmes endroits :

• les produits « accessoires » : ventes d’immobilisations, refacturations de frais, locations, sponsoring, produits de la cafétéria — comptabilisés dans des comptes que personne ne regarde au moment du décompte ;
• les écritures de bouclement : régularisations de travaux en cours, factures à établir, notes de crédit passées en janvier pour décembre ;
• les prestations à soi-même et parts privées : véhicule, logement de service, prélèvements de marchandises ;
• l’impôt sur les acquisitions : prestations de services acquises auprès d’entreprises étrangères (logiciels SaaS, licences, honoraires de conseil, publicité en ligne) — le poste le plus souvent oublié depuis cinq ans ;
• la ventilation des taux : 8,1 % / 2,6 % / 3,8 % en 2026, avec des mélanges fréquents dans la restauration, l’hôtellerie, la vente de denrées à l’emporter et l’édition ;
• l’impôt préalable : factures fournisseurs arrivées tardivement, TVA sur importations réglée par le transitaire, corrections liées à des subventions ou à une double affectation.

Cas chiffré : 4 200 francs invisibles

PME de services à Genève, exercice 2025, décomptes trimestriels selon la méthode effective. Somme des chiffres d’affaires imposables déclarés : 1 786 000 francs. Produits imposables selon les comptes annuels bouclés : 1 842 000 francs. Écart : 56 000 francs TVA incluse, provenant de refacturations de frais et d’une facture de décembre régularisée au bouclement.

TVA due au taux normal : 56 000 ÷ 1,081 × 8,1 % ≈ 4 196 francs. En sens inverse, la même revue a fait apparaître 3 100 francs d’impôt préalable non déclaré sur des factures fournisseurs reçues en retard. Le décompte de concordance annonce les deux mouvements et le solde à verser tombe à environ 1 100 francs. Sans concordance, ces 4 196 francs auraient été découverts lors d’un contrôle, avec intérêt moratoire depuis l’échéance — et sans le crédit d’impôt préalable si les pièces n’avaient plus été disponibles.

Le coût d’un oubli en 2026 : intérêt moratoire à 4,0 %

Depuis le 1er janvier 2026, le taux de l’intérêt moratoire et de l’intérêt rémunératoire de la Confédération est de 4,0 % (contre 4,5 % en 2025). L’intérêt court depuis l’échéance de la période fiscale considérée — en règle générale 60 jours après la fin de celle-ci, ou 60 jours après le 31 décembre pour une période fiscale annuelle — et se calcule selon la règle commerciale 30/360. Si le montant des intérêts n’atteint pas 100 francs, il n’est en principe pas perçu (ordonnance du DFF sur les taux d’intérêt, RS 631.014).

Autrement dit : un écart de quelques milliers de francs corrigé spontanément coûte peu. Le même écart retrouvé trois ans plus tard lors d’un contrôle coûte l’impôt, l’intérêt, du temps interne, et ouvre la discussion sur les autres périodes.

Décompte annuel, TDFN : la concordance ne disparaît pas

Depuis le 1er janvier 2025, les entreprises dont le chiffre d’affaires annuel ne dépasse pas 5 005 000 francs peuvent, sur demande, décompter la TVA annuellement, avec des acomptes fixés par l’AFC. La demande se dépose sur le Portail AFC au plus tard 60 jours après le début de la période fiscale (fin février), et les nouveaux assujettis disposent de 60 jours dès la réception de leur numéro de TVA.

Ce régime réduit le nombre de formulaires, pas l’exigence de fond : la réconciliation entre comptes annuels et TVA déclarée reste à faire, et une déclaration annuelle mal préparée concentre tout le risque sur un seul document. Même logique pour la méthode des taux de la dette fiscale nette (TDFN), ouverte lorsque le chiffre d’affaires imposable (TVA comprise) n’excède pas 5,024 millions de francs et que l’impôt dû ne dépasse pas 108 000 francs par an : l’impôt préalable n’est pas à détailler, mais l’exhaustivité et la bonne affectation des chiffres d’affaires par taux doivent être contrôlées. Rappel utile pour les jeunes structures : l’assujettissement obligatoire démarre à 100 000 francs de chiffre d’affaires provenant de prestations non exclues du champ de l’impôt.

Réflexes genevois et romands

À Genève, trois points reviennent systématiquement dans nos concordances :

• Les prestations transfrontalières : clients en France ou à l’international, sous-traitants étrangers, plateformes numériques. Il faut pouvoir justifier le lieu de la prestation et, pour les exportations de biens, disposer des preuves douanières.
• Le secteur français de l’aéroport de Genève, qui est réputé territoire étranger pour la TVA suisse : une évidence pour les spécialistes, une source d’erreurs pour les entreprises qui y facturent occasionnellement.
• Les subventions et contributions publiques cantonales ou communales, qui influencent la déduction de l’impôt préalable et sont rarement traitées correctement en cours d’année.

Sur les taux, une précision d’actualité : les taux applicables en 2026 restent 8,1 %, 2,6 % et 3,8 %. Le Parlement a adopté en juin 2026 un relèvement de 0,4 point pour financer partiellement la 13e rente AVS (taux normal porté à 8,5 %, avec adaptation correspondante des taux réduit et spécial), soumis à la votation populaire du 29 novembre 2026 et qui n’entrerait pas en vigueur avant 2028. Rien à anticiper dans vos décomptes 2026, mais un sujet à garder à l’agenda pour vos tarifs et vos systèmes de facturation.

Votre checklist de concordance

1. Bouclez d’abord les comptes, puis lancez la concordance : l’inverse ne fonctionne pas.
2. Reconstituez la somme des décomptes remis (chiffres d’affaires par taux, impôt préalable, impôt sur les acquisitions).
3. Comparez avec le grand livre, y compris les comptes de produits divers et les comptes de régularisation.
4. Documentez chaque écart : nature, période d’origine, taux, pièce justificative.
5. Vérifiez les corrections d’impôt préalable (double affectation, subventions, changements d’affectation).
6. Déposez le formulaire de concordance dans les délais, ne déclarez que les différences, et conservez le dossier de travail : c’est la première pièce demandée lors d’un contrôle.

Faire de la concordance un contrôle, pas une formalité

Bien menée, la concordance annuelle est le meilleur audit TVA gratuit dont dispose une PME : elle détecte les erreurs de processus (facturation, comptes utilisés, achats à l’étranger) avant qu’elles ne se répètent sur trois exercices. Mal menée ou oubliée, elle laisse mûrir un passif silencieux.

Chaque situation dépend de votre méthode de décompte, de votre périodicité, de votre secteur et de la structure de vos produits : ces repères ne remplacent pas une analyse individuelle. TL Fiduciaire, à Genève, établit et dépose vos concordances annuelles, reprend les exercices non finalisés et vous prépare à un éventuel contrôle TVA. Contactez-nous pour un premier échange sur votre dossier.