Décompte TVA trimestriel : délais, chiffres et corrections 2026

Le décompte TVA trimestriel est l’un des rares rendez-vous administratifs qui revient quatre fois par an, qui se paie comptant et qui laisse une trace durable chez l’Administration fédérale des contributions (AFC). Pourtant, nombre de PME le remplissent en recopiant le chiffre d’affaires de leur comptabilité dans la première case venue. Résultat : des reprises lors d’un contrôle, des intérêts moratoires et des corrections tardives qui auraient pu être évitées. Voici comment procéder proprement en 2026.

Qui décompte trimestriellement – et qui ne devrait plus

La périodicité trimestrielle est le régime de base des assujettis qui appliquent la méthode effective (TVA facturée moins impôt préalable). Elle concerne donc la majorité des sociétés genevoises et romandes dès lors qu’elles dépassent le seuil d’assujettissement de 100 000 francs de chiffre d’affaires mondial provenant de prestations non exclues du champ de l’impôt. Un seuil spécifique de 250 000 francs s’applique à certaines associations sportives ou culturelles sans but lucratif et institutions d’utilité publique.

Deux alternatives existent depuis l’entrée en vigueur de la LTVA révisée :

• Le décompte semestriel, lié à la méthode des taux de la dette fiscale nette (TDFN). Celle-ci est ouverte aux entreprises dont le chiffre d’affaires imposable annuel (TVA comprise) n’excède pas 5,024 millions de francs et dont l’impôt dû n’excède pas 108 000 francs par an. Depuis 2025, il est possible d’appliquer plus de deux TDFN, la règle des 10 % du chiffre d’affaires total restant déterminante.
• Le décompte annuel, possible depuis le 1^er janvier 2025 pour les entreprises dont le chiffre d’affaires annuel ne dépasse pas 5 005 000 francs. La demande se fait sur le Portail AFC, au plus tard 60 jours après le début de la période fiscale (fin février) ; les nouveaux assujettis disposent de 60 jours dès réception de leur numéro de TVA. Des acomptes sont alors facturés et peuvent être adaptés en ligne jusqu’à dix jours avant leur échéance.

Attention au mirage du décompte annuel : un seul décompte par an signifie aussi un seul moment de vérité, des acomptes à piloter et une trésorerie à discipliner sur douze mois. Pour une entreprise qui encaisse de la TVA en continu, le rythme trimestriel reste souvent le meilleur garde-fou.

Les échéances : 60 jours, pas un de plus

Le formulaire doit être remis spontanément dans les 60 jours suivant l’expiration de la période de décompte (art. 71 al. 1 LTVA) et l’impôt payé dans le même délai (art. 86 al. 1 LTVA). Spontanément : l’AFC n’envoie plus de rappel papier amical, et depuis le 1^er janvier 2025, toutes les entreprises assujetties doivent remettre leurs décomptes via le Portail AFC.

Lorsque l’échéance tombe un samedi, un dimanche ou un jour férié, elle est reportée au premier jour ouvrable suivant. Le délai de remise peut être prolongé gratuitement et en quelques clics via le service « Décompter la TVA » du Portail AFC – la voie électronique est d’ailleurs obligatoire pour ces demandes (art. 123 OTVA), une demande envoyée par courriel ou par courrier ne sera pas approuvée.

Le piège classique : la prolongation du délai de remise ne suspend pas l’échéance de paiement. L’intérêt moratoire court dès l’échéance (art. 87 al. 1 LTVA). En 2026, son taux est de 4,0 %, contre 4,5 % en 2025 (ordonnance du DFF sur les taux d’intérêt, RS 631.014). Bonne nouvelle : intérêts moratoires et rémunératoires ne sont en principe ni perçus ni versés en dessous de 100 francs. Si vous ne pouvez pas payer, demandez un plan de paiement plutôt que de ne rien faire : le décompte doit de toute façon être déposé.

À l’inverse, si votre décompte se solde par un avoir, le remboursement intervient dans les 60 jours suivant la réception du décompte par l’AFC. Un décompte déposé le 15 mai pour le 1^er trimestre donne donc lieu à un remboursement au plus tard mi-juillet : déposer tôt, c’est encaisser tôt.

Ce que l’on reporte vraiment : la logique du formulaire

Le décompte en méthode effective se lit en deux temps. Partie I – chiffre d’affaires : le chiffre 200 reçoit le total des contre-prestations convenues ou reçues (art. 39 LTVA), TVA comprise, y compris les transferts en procédure de déclaration et les prestations fournies à l’étranger. C’est ici que se joue la première erreur : on y inscrit tout, puis on retire.

Les déductions sur le chiffre d’affaires (prestations exonérées, prestations dont le lieu est à l’étranger, prestations exclues du champ de l’impôt, diminutions de la contre-prestation) se déclarent aux chiffres 220 à 280, dont le total figure au chiffre 289. Le chiffre 299 donne le chiffre d’affaires imposable (200 – 289). Point de contrôle imparable : le total des prestations ventilées par taux doit correspondre exactement au chiffre 299. En 2026, le taux normal est de 8,1 % et le taux réduit de 2,6 % ; un taux spécial s’applique aux prestations d’hébergement.

Partie II – impôt préalable : impôt préalable sur les charges de matériel et de prestations de services, sur les investissements et autres charges d’exploitation (chiffres 400 et 405), auxquels s’ajoutent notamment les dégrèvements ultérieurs (chiffre 410). Le chiffre 479 totalise l’impôt préalable déductible après corrections et réductions. La différence entre impôt dû et impôt préalable constitue le montant à payer ou l’avoir. Le détail case par case figure dans l’Info TVA 15 « Décompte et paiement de l’impôt », document de référence à garder ouvert lors de l’établissement.

Exemple chiffré : une société de conseil genevoise, 1^er trimestre 2026

• Chiffre d’affaires facturé : 420 000 CHF TTC → chiffre 200
• Dont 60 000 CHF de mandats pour un client établi en France (lieu de la prestation à l’étranger) → déduction, chiffres 220–280
• Chiffre d’affaires imposable : 360 000 CHF TTC → chiffre 299, au taux de 8,1 %
• TVA due : 360 000 × 8,1 / 108,1 = 26 975 CHF
• Impôt préalable : 95 000 CHF TTC de charges (7 118 CHF) + 18 000 CHF TTC d’informatique (1 349 CHF) = 8 467 CHF
• Solde à verser à l’AFC : 18 508 CHF

Trois enseignements : les 60 000 CHF ne disparaissent pas du décompte, ils transitent par le chiffre 200 ; la TVA se calcule « en dedans » sur un montant TTC ; et le solde dû n’a strictement rien à voir avec le bénéfice du trimestre. Les 18 508 CHF appartiennent à la Confédération depuis le premier jour.

Les erreurs qui reviennent le plus souvent

• Reporter un chiffre d’affaires hors taxe au chiffre 200. Le formulaire raisonne TVA comprise. L’écart est systématiquement détecté lors de la concordance annuelle.
• Oublier l’impôt sur les acquisitions. Licences SaaS, campagnes publicitaires en ligne, honoraires de consultants étrangers : ces prestations acquises à l’étranger doivent être déclarées dans votre décompte, même si aucune TVA suisse ne figure sur la facture.
• Déduire l’impôt préalable à l’importation sur la base de la facture du transitaire plutôt que sur la décision de taxation de l’OFDF. Seul le document douanier fait foi.
• Ignorer la double affectation. Si une partie de votre activité est exclue du champ de l’impôt (location de logements, formation, santé), l’impôt préalable doit être corrigé selon une clé appropriée (art. 30 LTVA). L’AFC vérifie la pertinence de la clé, pas seulement son existence.
• Mal gérer les contre-prestations convenues. Dans ce régime, la TVA est due dès la facturation, même impayée. Les pertes sur débiteurs et notes de crédit doivent être traitées en diminution de la contre-prestation, au bon trimestre.
• Oublier les opérations hors exploitation courante : vente d’un véhicule d’entreprise, cession d’équipement, prestations à soi-même. Elles appartiennent au décompte.
• Spécifique à l’arc lémanique : les livraisons et prestations destinées aux missions permanentes et organisations internationales genevoises bénéficient d’un dégrèvement à la source, sur présentation du formulaire officiel signé par le bénéficiaire institutionnel. Ce chiffre d’affaires doit tout de même figurer au chiffre 200 du décompte, puis être déduit. L’omission du formulaire, elle, ne se rattrape pas : la TVA reste due.

Corriger un décompte déjà déposé : trois situations

Déposer un décompte faux n’est pas une faute irréparable. Ne pas le corriger, en revanche, l’est.

1. L’erreur est repérée rapidement

Vous remettez un décompte rectificatif pour la période concernée, directement via le Portail AFC. Seules les valeurs corrigées sont déclarées. Plus la correction est rapide, plus l’intérêt moratoire éventuel est faible, voire nul s’il reste sous 100 francs.

2. L’erreur est découverte à la clôture annuelle

C’est le cas le plus fréquent et il a sa procédure dédiée : la concordance annuelle. Vous devez rapprocher vos quatre décomptes de vos comptes annuels (chiffre d’affaires et impôt préalable) et déclarer les différences constatées exclusivement dans le formulaire « Concordance annuelle (décompte rectificatif conformément à l’art. 72 LTVA) ». Seules les différences par rapport aux décomptes remis y figurent. Si aucune erreur n’est constatée, aucun formulaire n’est nécessaire.

Le délai, dit de finalisation, est strict : les différences doivent être corrigées au plus tard dans le décompte établi pour la période durant laquelle tombe le 180^e jour suivant la fin de l’exercice. Pour un exercice clôturé au 31 décembre 2025, ce 180^e jour tombe le 29 juin 2026, soit dans le 2^e trimestre 2026 : la concordance doit donc être remise avec le décompte du T2 2026, échéance au 31 août 2026. Un intérêt moratoire peut être dû, calculé depuis l’échéance de la période fiscale considérée (en règle générale 60 jours après la fin de la période fiscale, soit le 28 février de l’année suivante) selon la règle commerciale 30/360.

Et si vous ne faites rien ? Passé ce délai, les décomptes remis sont réputés corrects. Vos erreurs deviennent vos chiffres – y compris celles en votre défaveur.

3. L’erreur est ancienne ou découverte lors d’un contrôle

Une correction spontanée reste possible et demeure toujours préférable à une découverte par l’experte ou l’expert TVA de l’AFC. Lors d’un contrôle sur place, les chiffres d’affaires comptabilisés sont comparés aux contre-prestations déclarées et les différences sont rectifiées par voie de notification d’estimation. En l’absence totale de décompte, l’AFC peut procéder à une taxation par voie d’estimation (art. 79 LTVA) – une base de calcul qu’il est ensuite difficile et coûteux de renverser.

Trois réflexes qui font gagner du temps toute l’année

• Un compte bancaire distinct pour la TVA. Y virer le solde estimé chaque mois transforme l’échéance trimestrielle en non-événement.
• Une concordance intermédiaire au semestre, et non à la finalisation : vous repérez les écarts quand la mémoire des opérations est encore fraîche.
• Un plan comptable aligné sur le formulaire, avec des comptes séparés pour les prestations exonérées, les prestations à l’étranger et les acquisitions soumises à l’impôt sur les acquisitions. Le décompte se remplit alors presque mécaniquement.

En résumé

Le décompte trimestriel ne récompense ni la vitesse ni l’intuition, mais la méthode : déclarer tout au chiffre 200, déduire ensuite, contrôler la cohérence avec le chiffre 299, documenter l’impôt préalable, déposer dans les 60 jours et corriger dans le délai de finalisation. Chaque situation comporte toutefois ses propres zones grises – activités mixtes, prestations transfrontalières, structures de groupe –, et ces questions méritent une analyse individuelle plutôt qu’une règle générale.

TL Fiduciaire, à Genève, accompagne les PME, indépendants et sociétés étrangères dans l’établissement de leurs décomptes TVA, la concordance annuelle et la préparation des contrôles AFC. Un décompte qui vous laisse un doute, une correction à cadrer ou un choix de méthode à trancher ? Contactez-nous pour en discuter.